Кафедра була створена у березні 1999 року. До складу кафедри увійшло шість викладачів, завідувачем кафедри став к.т.н., доцент Лєпа Євгеній Володимирович.

Основною задачею кафедри в початковий період було збільшення та оновлення комп’ютерної техніки, створення необхідного методичного і програмного забезпечення, створення загальної комп‘ютерної мережі з обладнанням робочих місць на кафедрах і в підрозділах інституту.
У 2003 році була отримана ліцензія на підготовку бакалаврів по спеціальності «Економічна кібернетика» і кафедра стала випускаючую. Склад кафедри був розширений до 9 викладачів, із яких 1 доктор наук, професор; шість - кандидати наук, доценти.